एनआईईआर: ऑटोमेटा की कहानी तीन अलग-अलग नाटकों में सामने आती है। जबकि पहले दो प्लेथ्रू कुछ सामान्य आधार साझा करते हैं, तीसरा प्लेथ्रू महत्वपूर्ण कहानी तत्वों को प्रकट करता है जो पहले के प्लेथ्रू में नहीं देखे गए थे।
हालांकि गेम में तीन मुख्य प्लेथ्रू होते हैं जो कई अंत तक ले जाते हैं (कुछ अन्य की तुलना में अधिक विस्तृत), कुछ अंत तक पहुंचने के लिए एक विशिष्ट चरित्र के रूप में खेलने और विशिष्ट कार्यों को पूरा करने की आवश्यकता होती है। नीचे, हम तीन बजाने योग्य पात्रों और उनके बीच स्विच करने की विधि का विवरण देते हैं।
एनआईईआर का मूल: ऑटोमेटा की कहानी 2बी, 9एस और ए2 पर केंद्रित है। 2बी और 9एस भागीदार हैं, और उनकी उपस्थिति प्लेथ्रू के आधार पर अलग-अलग होगी। प्रत्येक पात्र की एक अनूठी लड़ाई शैली होती है, जो समान सुसज्जित प्लग-इन चिप्स के साथ भी गेमप्ले में गहराई जोड़ती है। हालाँकि ये तीनों बजाने योग्य हैं, स्विच करना हमेशा आसान नहीं होता है।
प्रारंभिक नाटक के दौरान चरित्र चयन प्रतिबंधित है:
मुख्य अंत को पूरा करने से अध्याय चयन मोड अनलॉक हो जाता है, जिससे चरित्र चयन की अनुमति मिलती है। अध्याय चयन गेम के 17 अध्यायों में से किसी को भी दोबारा देखने में सक्षम बनाता है। स्क्रीन के दाईं ओर प्रदर्शित संख्याएँ पूर्ण/अपूर्ण पार्श्व खोजों को दर्शाती हैं। यदि कोई वर्ण किसी विशिष्ट अध्याय के लिए संख्याएँ दिखाता है, तो उस अध्याय को उस वर्ण के रूप में दोबारा चलाया जा सकता है।
ध्यान दें कि बाद के अध्याय, विशेष रूप से प्लेथ्रू 3 में, चरित्र चयन को प्रतिबंधित करते हैं। जबकि अध्याय चयन लचीलापन प्रदान करता है, इसके लिए कहानी के उन बिंदुओं पर नेविगेट करने की आवश्यकता होती है जहां चुना गया चरित्र मूल रूप से खेलने योग्य था। अध्याय परिवर्तन से पहले सहेजने से प्रगति सुनिश्चित होती है, जिससे सभी तीन पात्रों के साझा स्तर को अधिकतम तक ले जाया जा सकता है।